교외규정

환경기술개발사업 연구개발비 산정·관리·사용 및 정산지침

 

제정 2006. 1. 17.
개정 2006. 12. 27.
개정 2008. 1. 15.
개정 2008. 12. 11.
개정 2012. 12. 31.
개정 2013. 10. 29.
개정 2014. 8. 18.
개정 2014. 12. 23.
개정 2016. 3. 31.
개정 2016. 12. 28.
개정 2017. 12. 29.
개정 2018. 9. 21.

제1장 총 칙

제1조(목적) 이 지침은 환경기술개발사업운영규정(이하 “운영규정”이라 한다)에 따라 환경기술개발사업(이하 “연구개발사업”이라 한다) 연구개발비의 산정？관리？사용 및 정산 등에 관하여 필요한 세부사항을 정함을 목적으로 한다.

제2조(용어의 정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “연구비관리시스템”이라 함은 연구개발사업 과제별로 연구개발비 사용내역을 실시간으로 종합관리할 수 있도록 인터넷으로 구축？운영되는 시스템(http://cleco-cms.keiti.re.kr)을 말한다.
2. “연구관리시스템”이라 함은 연구개발사업 과제별로 기획관리？진도관리？사후관리를 실시간으로 종합관리할 수 있도록 인터넷으로 구축？운영되는 시스템(http://ecoplus.keiti.re.kr)을 말한다.
3. “연구비카드”라 함은 참여연구원이 연구개발비를 사용할 수 있도록 연구비관리시스템과 연계하여 운용하는 체크카드 또는 신용카드를 말한다.
4. “회계감사 부서장”이라 함은 주관연구기관(위탁기관 포함)의 재산상황과 업무집행을 감사하는 감사 또는 검사역 등을 말한다.
5. “위탁정산기관”이라 함은 전문기관의 장이 연구개발비 정산을 수행하도록 지정한 기관을 말한다.
6. “정산”이라 함은 연구개발비 사용실적 및 세부집행내역을 검증하기 위해 환경부장관(이하 “장관”이라 한다), 전문기관의 장, 위탁정산기관의 장 또는 주관연구기관의 장이 실시하는 일체의 회계감사 행위를 말한다.
7. “정산금”이라 함은 연구개발 종료에 따라 연구기관에서 보고한 연구개발비 사용잔액 및 미사용 발생이자와 장관, 전문기관의 장, 위탁정산기관의 장 또는 주관연구기관의 장이 회계감사후 부당집행분으로 확정한 금액(이하 “부당 집행 금액”)의 합을 말한다.
8. “정산금 종합관리계좌”(이하 “종합관리계좌”라 한다)라 함은 정산금의 효율적인 관리를 위하여 전문기관의 장이 장관으로부터 위임받아 설치·운용하는 계좌를 말한다.
9. “과오납금”이라 함은 종합관리계좌에 착오 또는 오류로 입금된 금액을 말한다.
10. “현물”이라 함은 민간부담금 중 운영규정 제28조제1항에서 정한 범위의 비용을 현금가치로 환산한 금액을 말한다.

제3조(적용범위) 연구개발사업의 연구개발비 산정？관리？사용 및 정산 등과 관련하여 관계법령 및 규정 등에서 특별히 정한 경우를 제외하고는 이 지침을 적용한다.

제2장 연구개발비의 산정

제4조(연구개발비 지원기준) ①정부의 연구개발비 지원은 참여기업의 유형에 따라 운영규정 제27조제1항 [별표 2]와 같이 지원하는 것을 원칙으로 한다.
②당해연도 개발사업의 수행중에 참여기업의 유형에 변경이 있을 경우에는 다음연도 연구개발비 조정시 이를 반영한다.

제5조(연구개발비 계상) ①연구개발비는 직접비, 간접비로 구분하고 [별표 1]의 기준에 따라 계상한다. 다만, 수행기관이 국외기관이거나 그 외에 특수한 사정이 있는 사업이라고 장관이 인정하는 경우에는 협약에서 정하는 바에 따라 각 세목별 계상기준을 달리 적용할 수 있다.
②영리법인의 경우 관세？부가가치세 등 사후 환급이나 공제를 받는 금액은 산정시 제외한다.
③이 지침에 포함되지 않은 연구개발 소요금액은 각 주관연구기관 및 해당기관이 내부규정에 자체 계상기준을 마련하고, 그 기준에서 정하는 금액 또는 실소요액을 계상하여야 한다.

제6조(직접비 산정) ①직접비는 과제 수행에 직접적으로 사용되는 비용으로 다음 각 호의 세목으로 구분한다.
1. 인건비
2. 학생인건비
3. 연구장비？재료비
4. 연구활동비
5. 연구과제추진비
6. 연구수당
2. 위탁연구개발비
②직접비 현물은 다음 각 호의 범위의 기준으로 적용하되 인정범위는 사업별 특성에 따라 다를 수 있다.
1. 참여기업 연구원의 인건비 : 소속기관의 급여기준에 따른 참여기간 동안의 급여총액(4대 보험과 퇴직급여충당금의 본인 및 기관 부담금 포함)
2. 참여기업이 생산·판매하는 연구장비·재료 구입비 : 연구장비·재료의 생산원가 또는 판매가(단, 시작품 제작 등에 소모되어 협약 종료 후에 참여기업에 반환할 수 없는 것에 한함)
3. 참여기업이 보유한 연구장비 사용료 : 해당 연구장비 장부가(해당 협약년도의 직전년도)의 20%이내(단, 참여기업이 외부 임차한 경우 임차료 전액 현물 계상 가능)

제7조(간접비 산정) ①간접비는 인력지원비, 연구지원비, 성과활용지원비의 사용용도로 구분하여 계상한다.
②간접비의 세부 산정기준은 [별표 1]과 같다.
제3장 연구개발비의 관리 및 사용

제8조(연구개발비 지급) ①주관연구기관의 장은 연구개발비 청구에 필요한 청구금액, 은행계좌 등 연구개발과제별 기본사항을 연구관리시스템에 입력하여야 한다.
②주관연구기관의 장은 주관연구기관 또는 주관연구기관의 장의 명의로 개설된 연구개발비 전용 계좌(이하 “연구비계좌“라 한다)로 연구개발비를 청구하며, 1과제 1통장을 원칙으로 운영한다. 다만, 대학, 정부출연연구기관 등 비영리기관 중 경영정보시스템(MIS, Management Information System)을 구축하여 운영하는 기관으로서 중앙관리가 철저히 이행되는 연구기관에 한하여 연구개발비 다과제 1통장을 이용할 수 있다.
③장관 또는 전문기관의 장은 주관연구기관과 체결한 협약서에 따라 연구개발비를 지급한다. 다만, 정부의 재정사항 등과 협약변경 또는 해약되었을 경우에는 이를 변경할 수 있다.④전문기관의 장은 연구개발비 건별지급을 위해 전문기관 장의 명의로 개설된 연구개발비 관리계좌(이하 “전문기관 관리계좌”라 한다)로 정부출연금을 이체한다.⑤연구개발비는 연구비계좌를 경유하여 건별 지급한다. 다만, 비영리기관의 경우 인건비, 학생인건비, 간접비 등 연구기관의 자금을 포함하여 집행하는 일부 세목에 대하여 월별 또는 분기별로 분할하여 지급할 수 있다.⑥통합형과제 또는 사업단과제 등 공동으로 수행하는 연구개발과제의 연구개발비는 총괄주관기관과 협동연구기관에 나누어 지급할 수 있으며, 협동연구기관 연구개발비 지급방식은 제3항부터 제5항을 준용한다.

제9조(연구개발비 관리) ①주관연구기관의 장 및 연구책임자는 연구개발비를 지급받은 때에는 운영규정, 연구개발사업 협약서 및 기타 환경부장관 또는 전문기관의 장이 정하는 제 규정 등에 따라 선량한 관리자의 의무를 다하여 관리？사용하여야 한다.
②주관연구기관의 장은 별도의 계정을 설정하여 지급받은 연구개발비를 연구개발비 계좌에 예치하고 그 계정과 연결된 연구비카드를 발급받아 관리하여야 한다.
③주관연구기관의 장이 연구개발비를 사용할 때에는 현금출납부 또는 이에 준하는 장부를 비치하고 세목별로 구분하여 과제별로 출납상황 및 연구개발비 집행내역을 기록？관리하여야 한다.
④주관연구기관의 장은 예치운용증서(통장), 지출결의서, 계좌이체영수증, 연구비카드 매출전표, 전자세금계산서, 전자계산서, 일괄집행에 관한 세부명세서, 거래명세서, 원천징수영수증과 기타 견적서？청구서 또는 계약서？검사조서 등 연구개발비의 사용내용을 증명하는데 필요한 증빙서류를 다음 각 호와 같이 구비하여 관리하여야 한다. 다만, 연구비카드 매출전표, 전자세금계산서, 전자계산서는 전자 증빙으로 대체할 수 있다.
1. 월별 또는 분기별로 구분？편철하여 그 표지에 총건수, 총매수, 총금액 및 관리자의 직？성명을 기재？날인한다.
2. 연구비카드 매출전표, 전자세금계산서, 전자계산서 등 전자 증빙으로 집행하지 않은 연구개발비 증빙서류 원본에는 ？환경기술개발사업 집행영수증？이라는 문구가 새겨진 고무인(125㎜×10㎜<중고딕 10호> 혹은 100㎜×20㎜ <중고딕 16호>)을 제작하여 대각선으로 날인한다.
⑤주관연구기관의 장은 견품기자재 및 유형적 발생품 중 백만원 이상의 단일구입품은 전문기관의 장이 제작？배포한 라벨(참고서식 11.)을 부착하여야 하며, 3천만원 이상인 장비 또는 3천만원 미만이라도 공동활용이 가능한 연구시설·장비는 취득 후 30일 이내에 국가과학기술지식정보서비스(NTIS)에 등록하여 관리하여야 한다.
⑥연구개발비의 회계처리에 있어 과세대상인 연구기관의 경우 관세, 부가가치세 등 사후환급이나 공제 받을 금액은 당해 연구개발비 지출내역에서 제외하여야 한다.
⑦주관연구기관의 장은 당해연도 연구개발비 집행 관련 증빙서류를 주관연구기관의 내부규정에 의하여 보존하되, 최소한 당해과제 종료년도 후 5년간 보존하여야 한다.
⑧연구비에서 집행되는 관세, 부가가치세 등은 「관세법」,「부가가치세법」등 관련 세법에 따라 신고하여야 한다.

제10조(연구개발비의 변경) ①주관연구기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 연구관리지침의 [별지 제4-3호 서식]에 의하여 연구개발비 변경신청서를 전문기관의 장에게 제출하여 사전승인을 얻어야 한다. 다만, 연구개발비 중 간접비의 합계액은 증액할 수 없다.
1. 위탁연구개발비를 원래계획보다 20% 이상 증액
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 건당 3천만원(부가가치세 포함) 이상의 연구장비·시설비를 원래계획 없이 새로 집행하려는 경우
나. 원래계획과 다르게 건당 3천만원(부가가치세 포함) 이상의 연구장비·시설을 변경하거나 구매하려는 경우
다. 원래계획과 다르게 건당 3천만원(부가가치세 포함) 이상의 연구장비·시설을 구매하지 아니하려는 경우
3. 총액 3천만원(부가가치세 포함) 이상 연구기자재 또는 시작품？시제품？시험설비 제작경비 변경
4. 계속과제로서 해당연도 직접비 중 불가피하게 다음 연도의 직접비에 포함하여 사용하려는 경우
5. 해당 연구개발과제 수행을 위하여 신규 채용한 중소기업 소속 연구원을 해당 중소기업 소속의 다른 신규채용 연구원으로 변경하려는 경우
6. 삭제
②위탁연구기관이 제1항 각호의 사유로 연구개발비를 변경하고자 하는 경우에는 주관연구기관의 장을 통해 전문기관의 장의 승인을 얻어야 한다.
③이외의 연구개발비 변경에 관한 사항은 주관연구기관 장의 승인 후 연구관리시스템을 통해 전문기관의 장에게 보고하여야 한다.

제11조(연구비카드 및 연구비계좌 운영) ①전문기관의 장은 운영규정 제30조제10항에 따라 연구비카드 및 연구비통장 운영을 위해 전담 금융기관을 선정하고, “연구개발비 전담 금융기관 지정에 관한 업무협약”을 체결하여 운영할 수 있다.
②주관연구기관의 장은 연구개발비 청구 시 전담 금융기관에 직접 연구비카드 발급과 연구비계좌 개설을 신청하여야 한다.
③수행기관은 협약 후 7일 이내에 연구비카드를 신청하여야 하며, 과제별로 연구책임자 등의 실명으로 5매 이내의 범위에서 발급하되 필요한 경우에는 발급매수를 조정할 수 있다. 다만, 정부출연연구기관의 경우에는 과제통합카드를 사용하게 할 수 있다.
④연구비카드는 일반 신용카드와 동일한 방식으로 사용하나 할부구매 및 현금인출 기능은 없는 카드로 운영한다. 다만, 장관 또는 전문기관의 장은 해외에서 수행하는 연구개발과제나 연구기관의 성격을 고려하여 연구비카드의 신청 및 사용에 대해 예외를 인정할 수 있다.
⑤연구기관의 장은 [별표 2]의 연구기관 이행사항을 연구수행 추진단계에 따라 성실히 준수하여야 한다.
⑥연구기관(주관 및 위탁기관 등)의 장은 연구개발비 사용후 30일 이내에 연구개발비 사용내역을 연구비관리시스템에 입력하여야 한다.

제12조(연구개발비 사용) ①연구개발비는 주관연구책임자의 발의를 거쳐 주관연구기관의 장이 집행하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구개발비는 주관연구책임자의 발의를 거치지 아니하고 주관연구기관의 장이 직접 집행할 수 있다.
1. 간접비
2. 직접비 중 인건비
3. 연구기관 단위로 학생인건비를 통합관리하는 기관의 학생인건비
②주관연구기관의 장은 연구수행의 효율적 추진을 위하여 전문기관의 장의 승인을 받아 참여기업으로 하여금 당해 기업에서 부담한 현금범위 내에서 연구개발비를 사용하게 할 수 있다.
③연구개발비의 사용방법은 [별표 3]과 같다. 다만, 카드사용 방법에 해당되어도 연구비카드 사용이 불가한 경우(사유서 첨부) 계좌이체 등의 형태로 사용할 수 있다.
④주관연구기관(협동연구기관 포함)은 연구비관리시스템에서 사전승인을 받고 연구개발비를 사용하여야 한다.⑤제3항에 따라 연구비카드로 연구비 집행 시 신용한도가 부족한 기관은 선지급 시스템을 이용할 수 있다. 다만, 선지급 승인 후 10일 이내 집행되지 않을 경우 전문기관 관리계좌로 반납함을 원칙으로 한다.
⑥주관연구기관의 장은 과제의 일부를 위탁하는 경우 연구개발비 중 위탁연구개발비를 협약서에 따라 위탁연구기관에게 계좌이체를 통해 지급하여야 한다.
⑦연구개발비중 간접비는 기관별 자체규정에 따라 사용하되 제7조에서 정한 용도로만 사용하여야 한다.
⑧연구개발비의 사용은 연구비카드 매출전표 및 계좌이체 형태 또는 전자세금계산서, 부가세 면세사업자용 전자계산서 등으로 사용하고 증빙자료를 유지하여야 한다. 연구비카드 사용 증빙자료는 카드사용내역서로 대체할 수 있다. 다만, 불가피한 사유가 있는 경우에는 예외를 인정한다.
⑨회계감사 부서장은 연구개발비의 사용에 대하여 일상감사를 실시하고 연구개발비의 사용내용 및 회계감사결과에 대한 기록을 유지하여야 하며, 연구개발과제가 종료한 경우에는 관련자료를 제출받아 연구비 사용실적에 대한 자체회계감사를 공정하게 실시하고 그 결과를 매 과제별로 [별지 제1호 서식]에 따라 작성하여야 한다.
⑩세목별 연구개발비 계상 및 정산기준은 [별표 1]과 같다.

제12조의2(연구개발비의 이월) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 전문기관의 장의 승인없이 이월할 수 있다.
1. 단계별 협약과제의 연차별 집행잔액은 차년도로 이월하여 사용할 수 있다(단, 연차보고서 제출시 이월내역을 포함하여 보고해야 함).
2. 협약기간 이내에 지출원인행위를 하고 해당연도 사용실적 보고 시까지 물품, 용역 및 서비스 제공이 완료된 경우에는 해당연도 협약기간 이후에 사용할 수 있다(단, 연구장비·재료비 중 기기·장비 구입비는 제외).
3. 해당연도 협약기간 내에 지출원인행위를 하고 미지급한 보고서 인쇄비, 연구수당, 정산수수료, 공공요금
4. 학생인건비 통합관리기관이 사용하고 남은 학생인건비
②현물은 이월할 수 없다.
③이월금은 동일 세목으로 사용하여야 한다.
④전문기관의 장의 승인을 얻은 이월금이라도 재이월할 수 없다.
⑤중단되거나 협약 해약된 과제의 이월 승인된 연구개발비는 중단 또는 해약된 연도의 연구개발비에 포함하여 정산한다.

제13조(발생이자 관리 및 사용) ①주관연구기관의 장은 당해연도 협약기간 중 발생한 연구개발비의 발생이자를 장관의 승인을 얻어 연구성과의 창출지원, 보호, 활용역량의 강화를 위하여 사용할 수 있다. 다만, 협약기간 중 개별과제에서 발생한 이자의 금액이 1천만원 미만인 경우에는 당해 과제의 직접비에 산입하여 사용할 수 있다.
②전문기관의 장은 당해 과제의 사용하지 않은 발생이자 중 정부출연금 지분에 해당하는 금액을 회수하여야 한다. 다만, 통장의 일괄관리로 인하여 이자 산정이 어려운 국？공립연구기관, 대학 및 정부출연연구기관의 경우에는 해당기관의 이자 수입으로 인정할 수 있다.

제4장 연구개발비의 정산

제14조(연구개발비의 사용실적보고) ①주관연구기관의 장은 정부출연금 이자 총액과 연구개발비의 사용실적을 [별지 제1호 서식]에 따라 해당연도 연구개발사업 종료일부터 3개월 이내에 연구비관리시스템에 등록하여야 한다.
②주관연구기관의 장이 부도·폐업 등의 사유로 사용실적보고서를 제출하지 못하는 경우에는 주관연구기관 이외의 수행기관 또는 참여기업이 이를 대신하여 제출할 수 있다.
③주관연구기관이「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」(이하 “공동관리규정”이라 한다) 제14조제1항에 따른 연구비 관리체계 평가 결과 최우수 등급을 받은 기관에 한해서는 자체 정산 결과보고서로 정산을 갈음한다. 이 때, 자체 정산 결과보고서는 협약 종료일로부터 90일 이내에 전문기관에 제출되어야 한다.
④연구개발비 사용실적보고서는 [별지 제1호서식]을 활용하여 연구비관리시스템에서 작성 후 전자문서로 제출한다.
⑤주관연구기관의 장은 연구개발비 변경내역을 연구관리시스템에 입력하고 최종 반영된 내역으로 사용실적보고서를 제출하여야 한다.

제15조(연구개발비 사용실적에 대한 정산) ①전문기관의 장은 위탁정산기관의 장으로 하여금 주관연구기관의 장이 제출한 연구개발비 사용실적보고에 대하여 [별표 1]의 정산기준에 따라 적정사용 여부를 검토한 후 부당 집행 금액을 확정하게 하여야 한다.
②주관연구기관의 장은 전문기관의 장이 요구하는 경우에는 연구개발비 사용실적을 전문기관의 장에게 보고하여야 하며, 이 경우 전문기관의 장이 연구개발비 사용실적에 대한 정산을 직접 실시할 수 있다.
③전문기관의 장 또는 위탁정산기관의 장은 연구개발비 사용실적보고의 진위여부가 불분명하다고 판단하는 경우에는 당해 주관연구기관의 장에게 일정기한을 정하여 이를 증빙할 서류의 제출을 명할 수 있다. 주관연구기관의 장이 증빙서류의 제출을 거부하거나 당해 연구개발비의 사용을 증빙하지 못하는 경우에는 부당집행에 준하여 처리한다.
④다음 각 호의 경우 해당세목에 대해서는 정산을 면제할 수 있다. 단, 정산이 면제되는 경우에도 부당집행기준에 위배되지 않게 사용하여야 하며 증빙자료를 반드시 갖추어야 한다.
1. 학생인건비 통합관리기관의 학생인건비
2. 직접비의 10퍼센트의 범위에서 5백만원 이하로 계상하여 집행한 연구과제추진비

제16조(정산결과 통보 및 이의신청) ①위탁정산기관의 장은 연구개발비 사용실적에 대하여 실시한 정산결과를 전문기관의 장에게 보고하여야 하며, 전문기관의 장은 정산결과를 주관연구기관의 장에게 통보하여야 한다. 주관연구기관의 장은 통보받은 정산금 중 제19조의 회수금액에 해당하는 금액을 통보일로부터 1개월 이내 전문기관이 지정하는 계좌에 반납하여야 하고, 입금영수증 사본 1부를 첨부하여 전문기관의 장에게 통보하여야 한다. 다만, 전문기관의 장은 전문기관 관리계좌에 연구개발비 잔액이 남아있는 경우 그 금액에서 반납 대상 정산금을 우선 회수할 수 있으며, 회수 후 잔액이 발생할 경우 연구기관에게 지급한다.
②주관연구기관의 장은 정산결과에 대하여 이의가 있을 경우 통보를 받은 날부터 15일 이내에 1회에 한하여 이의신청서(참고서식 4)를 증빙 자료와 함께 제출할 수 있다.
③전문기관의 장은 이의신청에 대하여 내부검토를 실시하고 필요한 경우에는 행정위원회 심의를 거쳐 적정여부를 검토하여 최종 정산금을 확정하고 그 결과를 주관연구기관의 장에게 통보하여야 한다.

제17조(정밀정산) ①전문기관의 장은 주관연구기관에서 정산하여 보고한 과제 중 다음 각 호 어느 하나에 해당하는 과제에 대해서는 세목별 내역서, 증빙서류 등을 제출받아 정밀정산을 직접 또는 위탁정산기관의 장에게 위탁하여 실시하여야 한다.
1. 연차 또는 단계평가, 현장평가 결과 ‘중단’으로 평가된 과제
2. 최종평가 결과 ‘실패’로 평가된 과제
3. 참여제한 및 출연금 환수 등 제재조치 검토 대상 과제
4. 정산 결과 총 연구개발비의 10% 이상에 해당하는 금액이 이 지침에 정한 기준 외로 집행된 것으로 의심되는 과제
5. 기타 장관 또는 전문기관의 장이 필요하다고 인정하는 과제
②위탁정산기관의 장은 현장실태조사 전에 연구개발비 사용실적 검토를 통해 조사 목록을 작성하고, 정밀정산 대상과제의 주관연구기관에게 연구개발사업에서 취득한 장비 중 공동활용이 가능하다고 판단되는 장비에 대한 공동활용대상 장비사항 등이 포함된 세부사항을 작성 요청하여야 한다.
③위탁정산기관의 장은 전문기관에서 위촉한 연구개발사업 전문가와 함께 현장실사를 실시하여, 정밀정산대상과제에 대한 부적정 집행 여부를 판단하여야 한다.
④위탁정산기관의 장은 현장실태조사 결과를 바탕으로 전문기관의 장에게 정밀정산 결과를 보고하여야 한다.
⑤전문기관의 장은 공동활용대상 장비를 제외한 정산금을 연구기관에 반납통보하고, 공동활용대상 장비사양을 접수 후에 활용처 조사 등을 통한 이전 조치를 강구할 수 있다.
⑥전문기관의 장은 제1항에 의한 정밀정산을 실시하는 경우 주관연구기관의 장이 위탁정산기관의 장에게 지급하는 회계감사비용 이외의 추가비용을 예산의 범위 내에서 지급할 수 있다.

제18조(정산금의 회수) ①연구개발비는 당해연도 협약기간내에 지출원인행위가 행하여진 경우에 한하여 사용할 수 있으며, 협약기간내에 지출원인행위가 이루어지지 아니한 금액에 대하여는 회수하는 것을 원칙으로 한다. 다만, 당해연도 협약기간 이전 또는 이후의 지출원인행위라 하더라도 전문기관의 장이 연구개발사업의 계속적 수행을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
②계속과제의 경우 다음연도 협약체결의 지연으로 인한 협약기간 이후의 지출원인행위에 대하여는 전문기관의 장의 인정을 받지 아니하여도 다음연도 협약기간내의 지출행위로 본다.
③전문기관의 장은 협약기간 이후에 지출원인행위를 행한 연구개발과제가 환경부장관이 연구개발비의 규모조정 등의 사유로 당해연도 연구개발과제 확정시 중단된 경우에는 당해 주관연구기관의 지출원인행위를 당해연도 협약기간내의 지출원인행위로 간주하고, 이미 지출된 연구개발비를 당해연도 사용잔액이나 사업비의 이자로서 보전할 수 있다. 이 경우 협약기간 이후에 지출원인행위를 행한 연구개발과제는 운영규정 제32조의3제7항의 규정에 의한 연차평가 결과 “계속”으로 평가된 경우에 한한다.
④주관연구기관의 장은 연구개발 종료에 따른 사용잔액이 발생하였거나 정산결과 부당 집행 금액이 있을 경우 특별한 사유가 없는 한 즉시 종합관리계좌에 입금하여야 한다. 단, 정산결과 통보시 해당금액이 10,000원 미만인 경우 당해 연구기관의 수입으로 처리할 수 있다.

제19조(반납 또는 회수금액 범위) ①정산금으로 확정되어 반납 또는 회수되는 금액은 정부출연 연구개발비(이자 산입금액 제외)와 민간의 현금부담 연구개발비를 합산한 금액중 정부출연 연구개발비(이자 산입금액 제외)가 차지하는 비율에 해당하는 금액을 말한다.
② 민간의 실제 현물 부담액이 협약에서 정한 현물부담액보다 부족한 경우, 제1항에도 불구하고 부족금액 전체를 현금으로 회수한다.

제20조(문제과제 처리) ①전문기관의 장은 정산금 반납통보 후 주관연구기관이 정당한 사유 없이 3개월 이상 반납을 지연하는 경우 채권추심 등 정산금 회수를 위한 법적 조치를 취할 수 있다.
②전문기관의 장은 행정위원회의 심의를 거쳐 주관연구기관의 부도, 법정관리, 폐업 또는 이에 준하는 상황이 발생하여 정상적인 연구개발비 집행실적 검토 및 정산금의 회수가 불가능하다고 판단되는 경우 정산금 회수조치를 종료할 수 있다. 다만, 전문기관의 장은 주관연구기관에 대한 재산조사 등 정산금 회수를 위하여 선량한 관리자의 의무를 다하여야 한다.

제21조(과오납금의 처리) ①주관연구기관의 장은 반납대상 정산금을 초과하여 반납함으로써 과오납금이 발생한 경우 최종 정산금 반납 마감일로부터 3개월 이내에 전문기관의 장에게 동 금액의 반환을 요청할 수 있다.
②전문기관의 장은 제1항의 기한내에 반환요청이 없는 과오납금은 국고에 세입 조치한다.

제5장 전문기관의 정산금 관리 등

제22조(정산금의 관리 등) ①장관은 전문기관의 장으로 하여금 연구개발비 정산금을 국고 또는 해당 기금 등에 납입하도록 하여야 한다.
②전문기관의 장은 정산금을 관리하기 위한 종합관리계좌를 별도로 설치하여야 하며, 적립된 정산금은 다른 용도의 자금과 분리하고 별도의 장부를 작성·비치하여 관리·운용하여야 한다.
③환경기술진흥사업 및 연구관리평가사업의 연구개발비 정산은 전문기관의 장의 감사의견서를 첨부하여 장관에게 보고하여야 한다.

제23조(정산금의 수입 및 지출) ①전문기관의 장은 종합관리계좌에 수입이 발생한 경우 수입의뢰서에 따라 관리하여야 하며, 수입현황을 종합하여 매년 과제별 정산금 입금현황 보고서를 작성하여 환경부장관에게 보고하여야 한다.
②전문기관의 장은 문제과제의 재산조사, 채권추심, 환수 관련 소송 등에 소요되는 비용과 과오납금에 대하여 종합관리계좌에서 인출？지급할 수 있다.
③전문기관의 장이 제2항의 규정에 의하여 해당금액을 인출하는 경우에는 지출결의서에 따라 인출·지급하여야 하며, 매년 인출현황 및 관련증빙서 사본을 첨부하여 장관에게 보고하여야 한다.

부 칙 <제정 2006. 1. 17.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날로부터 시행한다. 다만, 제6조 내지 제10조의 조항은 2006년 협약과제부터 적용한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.
제3조(다른 규정의 폐지) 이 지침의 시행과 함께 환경기술개발사업 연구개발비카드제 운영관리지침은 폐지한다.
부 칙 <개정 2006. 12. 27.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날로부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.

부 칙 <개정 2008. 1. 15.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날로부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.
부 칙 <개정 2008. 12. 11.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날로부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.

부 칙 <개정 2012. 12. 31.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날로부터 시행한다. 다만, 제4조 내지 제7조, 제10조, 제12조, 제14조 내지 제17조의 조항은 2012년 7월 1일 이후 협약과제부터 적용한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.

부 칙 <개정 2013. 10. 29.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날로부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.

부 칙 <개정 2014. 8. 18.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.
제3조(현물계상에 관한 간주규정) 주관연구기관의 장이 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」제14조제7항에 따라 이 규정 시행전에 제5조제2항제3호를 미리 적용한 경우에는 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.

부 칙 <개정 2014. 12. 23.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.
제3조(연구수당 정산기준에 관한 경과조치) 별표1의 개정규정에도 불구하고 이 지침 시행 당시 협약이 체결된 연구개발과제에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

부 칙 <개정 2016. 3. 31.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.

부 칙 <개정 2016. 12. 28.>

제1조(시행일) 이 지침은 2017년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(연구개발비에 관한 적용례) 제8조제4항부터 제6항, 제9조제4항, 제11조제2항 및 제3항, 제12조 및 별표의 개정규정은 이 지침 시행 후 최초로 협약을 체결하는 연구개발과제부터 적용한다.

부 칙 <개정 2017. 12. 29.>

이 지침은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

부 칙 <개정 2018. 9. 21.>

제1조(시행일) 이 지침은 발령한 날부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 지침 시행 전에 처리된 사항은 이 지침에 의하여 처리된 것으로 본다.